Historie
ale významu nabývá
až se založením kláštera. Zpočátku ves příslušela pod správu obce Kouřimské,
později k cisterciáckému klášterství. Po jeho zániku přešla
vesnice do měšťanských a později do šlechtických rukou. Byl v ní
vybudován zámeček a poplužní dvůr (z přebudovaného klášterního
statku). Počátkem 20. století přešla obec pod občanskou správu.......a
proto ted vypadá tak jak vypadá....
Vlastní budovy kláštera byly vystavěny v údolí řeky Kouřimky, nedaleko centra stávající obce. Místo bylo velmi dobře vybráno především z hlediska stavebního materiálu. Celá oblast je geologicky tvořena ortorulou, tedy zdrojem kvalitního stavebního kamene. Na východ od kláštera jsou již výběžky Českého masivu, který je z větší části tvořen dalším potřebným materiálem - pískovcem. Oba druhy kamene - ortorula i pískovec, byly hojně využity při stavbě, opravách i přestavbě kláštera. Jediným pro stavbu kláštera problémovým materiálem bylo dřevo, jehož nebyl v bezprostřední blízkosti skalického opatství dostatek....hmm, žádný lesy...taky nechodili na houby :( Tato situace se však později vyřešila koupí rozsáhlého zalesněného prostoru (viz dále)...no hurá.....
Opatství nazvané "Ad Graciam beatae Virginis" v Klášterní Skalici u Kouřimi je posledním cisterciáckým klášterem založeným ve středoevropském prostoru. Tento konvent byl založen až v roce 1357. Zakládací listinu k němu vydal 13. 10. 1357 mindenský biskup Dětřich z Portic. Listina se bohužel nedochovala, ale její obsah dnes známe z papežské konfirmace, kam byla doslovně opsána. Fundaci potvrdil 12. 11. 1357 pražský arcibiskup Arnošt z Pardubic, 12. 12. 1357 papež Inocenc IV. a 10. 1. 1358 i císař a král Karel IV. Ten však již 7. 12. 1358 vydal pro budoucí klášter potvrzení soudní imunity. Z listinného materiálu také víme, že základní kámen položil olomoucký biskup Jan za přítomnosti mnoha dalších vysokých církevních hodnostářů, světských osobností i císaře Karla IV.....takže velká udállost a chlastačka jak prase....:)
Takto pozdní nadání cisterciáckého kláštera je velmi nezvyklé nejen v našem
prostoru, ale v celé Evropě. Svědčí především o velkém zájmu fundátora
a jeho úzké vazbě na řád sv. Bernarda. Tímto fundátorem a donátorem byl Dětřich
z Portic (asi 1300 - 1367), od roku 1352 biskup mindenský, v letech
1360-61 také probošt vyšehradský, který se roku 1361 stal arcibiskupem
magdeburským. Narodil se zřejmě v rodině sukenkraječe ve Stendalu,
ale velmi brzy vstoupil do cisterciáckého řádu - do kláštera Lehnin v Braniborsku.
Pobyt v "Leníně" a vzpomínky na něj ho s cisterciáky svázaly
na celý život. Ještě jako mladý mnich se stal vojtem u braniborského
biskupa Ludovíka. Ten však umírá a Dětřich usiluje o jeho stolec, kterého
nedosáhne, ale stává se biskupem mindenským. 
Právě v tuto dobu odešel
nový biskup ke dvoru císaře Karla IV., kde působil dvanáct let (až do roku
1361, kdy se stal arcibiskupem magdeburským) a dosáhl hodnosti probošta vyšehradské
kapituly a císařského kancléře.
Je paradoxem, že dnes neznáme plné jméno tak významného muže 2. poloviny 14. století. V listinách je totiž vždy uváděn pod svou církevní hodností. Jméno z Portic se vyskytuje v listinách, jejichž adresátem je prokazatelný Dětřichův příbuzný. Dalším dokladem o správnosti této teorie je skutečnost, že v Stendalu existuje rodina podobného jména, která pochází ze selských a později i soukenických a sukenkraječských vrstev a svůj původ odvozuje od blízké vesnice, dnes zvané Poritz.
Klášter ve Skalici byl biskupem Dětřichem založen jako druhá filiace kláštera v Sedlci (tou první bylo opatství "Aula Regia" na Zbraslavi). Patří tak do mateřské větve morimondské a jeho plná filiační řada je: Citeaux (zal. 1098) - Morimond (1115) - Kamp (1123) - Volkenrode (1133) - Waldsassen (1133) - Sedlec (1142/43; srv. Kuthan 1983, s.331).
Obec Skalici odkoupil fundátor od města Kouřimi a založil zde klášter, kterému se však nedostalo přílišného obvěnění. Opatství dostalo pouze několik vsí a dvorů - Skalici, Mnichovice (Myškovice ?), Lipskou, 22 církevních rouch, 15 svazků knih a 2000 kop grošů českých na stavbu klášterního areálu, na vybavení konventu dalšími knihami, rouchy a předměty denní potřeby. Už v prvních dnech existence nové církevní instituce byly její statky rozšířeny o obec Zalešany. Listina císaře Karla IV. také potvrzovala držbu lesa zvaného Kozí hřbet, který Dětřich koupil spolu se dvorem a kobylím polem od Ješka z Kostelce a který je zmiňován už v listině z 13. 10. 1357. Jde o již zmiňovanou císařskou potvrzovací listinu, v níž se také mluví o právech kláštera, podle nichž mají být poddaní souzeni jen klášterským soudem i pokud se něčeho dopustí na cizí půdě, na panství jiné vrchnosti. I tak mají pokuty připadnout klášteru. Opat má také právo zřizovat krčmy a pekárny i v blízkosti měst a při nálezu drahých kovů na pozemcích kláštera má jeho opat stejná práva jako opat sedlecký na svých statcích. Listinný zápis o prodeji lesa Kozí hřbet biskupovi zmiňuje i tvrz Burkstadil a dva lesníky, s nimiž se les prodává. Zakladatel zakoupil i dnes neexistující Lhotu (u Plaňan).
Jak už bylo výše řečeno, pozemky pro stavbu vlastního kláštera koupil
biskup Dětřich od města Kouřimi - kupní smlouvou danou dne 16. 3. 1358 a
hotově je též zaplatil.
V létě 1358 se skalické klášterství ještě
více rozšiřuje - listina z 18. 7. 1358 potvrzuje, že první opat Mikuláš
kupuje od svého souseda, sedleckého opata Jana, ves Ždanici (Stanici ?) se
dvorem, dvěma lány polí a právem patronátního kostela. Navíc o něco později
opatství odkoupilo platy v Mezholezích a Mnačicích, dohromady s důchodem
asi 200 kop grošů. Celá tato donace byla zřejmě v době vzniku opatství
už nedostatečná. Snad díky pokročilé kolonizaci českých zemí nebyl pro
nově založený klášter žádný volný pozemkový majetek. Tato složitá
situace byla postupně v průběhu dalšího vývoje konventu překonána
udílením různých práv, svobod a důchodů.
Do zatím ne příliš nadaného kláštera přišlo ze Sedlce 12 řeholníků, včetně prvního skalického opata Mikuláše. Konvent byl "projektován" pro větší počet řeholníků. Těch mělo být v dobách největšího rozkvětu až padesát. Právě takto vysoký počet mnichů je důvodem neobyčejných dimenzí kláštera, jehož stavba probíhala v letech 1357 - 1421). Začalo se s budováním konventu a velkolepého chrámu, který se zařadil mezi nejvýznamnější stavby doby Karla IV. a Václava IV. Přestože cisterciáci nebyli v 2. polovině 14. století velkými stavebníky, v Klášterní Skalici vznikl komplex s vysokou uměleckou hodnotou.
Přestože byl klášter v průběhu roku 1358 už poměrně bohatě nadán, jeho pozemková držba nebyla stále zcela jasná a ustálená. Problematickým místem byl například les na Kozím hřbetu. Právě o něj probíhal ve zmíněném roce pozemkový spor, který klášter vyhrál. Poražená strana se musela zavázat, že bude propříště dodržovat pozemkový majetek kláštera. Ke konečnému rozsouzení sporu došlo však až v roce 1370. Listina z 3. 8. 1370 říká, že Pešek z Klučova rozsoudil jako zvolený opravce spor skalického kláštera s Bohuňkem Hájkem a bratry z Tismic o kus lesa na Kozím hřbetu. Výsledkem bylo, že klášter musel zaplatit bratřím z Tismic 130 kop grošů za jejich nárok.
Nejen samotné opatství, ale i biskup Dětřich podnikali kroky k upevnění
držav a k hmotnému zabezpečení kláštera. 
Fundátor požádal císaře,
aby opatství mimo jiná nadání potvrdil i speciální privilegia. A tak Karel
IV. vydal na jeho popud ve Vratislavi 25. 12. 1358 (tedy téměř přesně rok
po založení kláštera) listinu, ve které osvobozuje opatství a jeho statky
od platby berně ve zvláštních případech - při korunovaci králů a královen,
při svatbách dědiců země, při vdavkách královských dcer, při placení
výmazného, ručení za dluhy a také od ostrožného a od povinnosti hoštění.
Snad protože si biskup Dětřich nebyl jistý politickým vývojem, stejná
privilegia vymohl roku 1359 i na Karlovu bratru Janovi. Zřejmě pro případ
jeho nástupnictví. Jan Lucemburský výhody stvrdil v listině vydané
20. 6. 1359.
Během několika málo let získal klášter další statky. Štědrý fundátor Dětřich koupil v roce 1360 od Jana z Masojed ves Masojedy, od Sázavského kláštera obec Doubravčice a od Lutolda řečeného Hájek vesnici Dolánky. Jan z Masojed a Lutold Hájek drželi své zboží manským právem, které však bylo po odkoupení pozemků změněno. Karel IV. totiž listinou z 16. 6. 1360 potvrdil klášteru pozemkovou držbu jako zboží zpupné, nikoliv manské. V této listině dal také souhlas, aby klášter směl v Království českém nabývat statky až do ročního výnosu 1000 kop pražských grošů.
Další významný zásah ve prospěch Klášterní Skalice učinil mindenský biskup Dětřich roku 1361, kdy na jeho prosbu a přímluvu potvrdil papež Inocenc VI. - listinou z 26. 6. 1361, nové odpustky pro věřící, kteří v určitých dnech navštíví klášterní kostel a vykonají v něm pobožnost. Toto však byla poslední milost, kterou klášteru jeho zakladatel poskytl, neboť byl brzy nato zvolen arcibiskupem magdeburským a natrvalo opustil císařský dvůr i Čechy.
Díky jeho prosbám, žádostem a přímluvám byl klášter dobře zabezpečen jak nemovitým majetkem, tak mnoha privilegii, svobodami a finančními zdroji. Během 2. poloviny 14. století a snad až do vypuknutí husitských válek tak mohly probíhat stavební práce v celém areálu kláštera. Tam se zřejmě jako na mnoha jiných církevních stavbách uplatňovala i práce laických mistrů a poddaných klášterního panství.
Život v klášteře zřejmě probíhal klidně, podle regulí řádu
sv. Bernarda až do roku 1364, kdy byl opatem zvolen bratr Martin, který byl už
dva roky nato, roku 1366, v klášteře přepaden a zardoušen. Šlo však
pravděpodobně o jediný takto zvláštní incident, jenž rozrušil klidný život
kláštera. Roku 1382 pak nastal další rozruch. Právě zvolený opat Matěj
znovu přestavěl budovy konventu a také roku 1400 obdržel od krále nová
významná privilegia. Václav IV. vydal 8. 11. 1400 několik listin (celkem čtyři),
v nichž osvobozuje opatství od berně a jiných dávek na plných 20 let
a zároveň mu daruje 4 horské hřivny pražských grošů týdně na dokončení
stavebních prací a též finanční prostředky "ve výši 300 kop grošů,
které měly postačit na výživu padesáti mnichů". V jiné z těchto
listin klášteru věnuje důchody z královské urbury v Kutné Hoře.
Panovník také souhlasil s tím, že klášter bude prominuté dávky a
poplatky od poddaných i nadále vybírat a využije je k financování svých
staveb. Opat Matěj, který tyto svobody na králi vymohl, pak zastával svůj
úřad do roku 1415.
Na počátku 15. století nebyl ještě klášter v dobré finanční situaci, což například potvrzuje záznam o příjmu pouze 1 kopy grošů (ročně ?) jako úroku z pojištění domů v Kolíně z roku 1412 a též to, že král Václav IV. vydal v roce 1413 listinu, kterou povoluje klášteru koupit nebo přijmout od dobrodinců 30 kop grošů ročního důchodu, ale jen na svobodných statcích v Království českém.
Klášter se také pouští do obchodů se svým pozemkovým majetkem. Roku 1415 prodává Mikešovi z Lipan ves Lipskou, spolu se staveními, městišti, ornou půdou a pastvinami, studnami, potoky, rybníkem lesem i mezemi za roční úrok 6 kop grošů českých. Úrok byl splatný v běžných termínech - na sv. Jiří (24. 4.) a na sv. Havla (16. 10.).
Roku 1418 byl do čela skalického konventu zvolen další významný muž - opat Emerich. Podobně jako opat Matěj, vymohl i on od Václava IV. v roce 1419 potvrzení o osvobození kláštera od berní a dávek na dalších 20 let a navíc koupil (snad pro opatství - pozn. T. K.) dům v Praze. Za jeho působení ale nastal v dějinách kláštera tragický zlom.
Král Václav IV. zemřel, vypukla husitská revoluce a většina církevních organizací se ocitla v přímém ohrožení. V letech 1420/21 byla husitskými pražany obsazena Kouřim. Po jejím obsazení se mniši v Klášterní Skalici začali obávat vpádu husitských houfů. Ty na opatství skutečně zaútočili v dubnu 1421.
Skalický klášter tak potkal osud podobný mnoha jiným. Celý areál byl vypálen a pobořen, mnišský sbor byl částečně z opatství vyhnán, částečně pobit. Majetku a pozemků se zmocnila husity obsazená Kouřim a rozdělila je do necírkevních rukou. Většina původního klášterství se tak dostala do feudální držby.